Чистота в насаждениях тоже имеет большое значение, так как многие сорняки служат убежищем и дополнительной базой питания для вредителей и промежуточным хозяином возбудителей некоторых болезней. Большое влияние на сопротивляемость растений болезням оказывают удобрения.
Известно, например, что избыточное содержание азота затягивает рост растений и уменьшает их сопротивляемость болезням, а фосфор и калий повышают ее. Важно также правильное размещение кустарников и деревьев в саду, подбор устойчивых к болезням сортов.
Биологический метод основан на использовании полезных насекомых и птиц для борьбы с вредными насекомыми, вредителями растений. Особенно много вредителей уничтожают птицы во время выкармливания птенцов, многие из них настолько прожорливы, что за два дня жизни удваивают массу. Одна пара синиц с потомством за одно лето может сохранить от опасных; вредителей около 40 плодовых деревьев. Не менее полезны лягушки, жабы, ящерицы, летучие мыши.
Муравьи, божьи коровки уничтожают большое количество тлей и клещей; хищные жужелицы, как правило, живущие в почве, уничтожают гусениц вредных бабочек, личинок жуков и галлиц, гусениц крыжовниковой огневки. Полезны наездники, откладывающие свои яйца в тело гусениц.
Часть видов бактерий и грибов тоже можно отнести к защитникам сада. В последнее время для борьбы с гусеницами некоторых вредных бабочек плодовых, ягодных и овощных культур широко применяют препараты эитобактерин и денробациллин.
Преимущество бактериальных препаратов, в безвредности для человека, животных, полезных насекомых, пчел и возможности их применения в сроки, когда нельзя использовать химические препараты (во время цветения, незадолго до сбора урожая), Полезные микроорганизмы можно применять и против болезней. Так, для борьбы с американской мучнистой росой используют настои коровяка или прелого сена, в которых развиваются бактерии, вызывающие гибель грибницы.